根據《公投法》，第11案通過後，相關單位必須廢止現行做法，將〈性別平等教育法施行細則〉第13條「本法第17條第2項所定性別平等教育相關課程，應涵蓋情感教育、性教育、同志教育等課程，以提昇學生之性別平等意識」中包含的「同志教育」刪除。教育部學生事務與特殊教育司長鄭乃文說明，在檢視課綱後確認，課綱中主要都是以了解多元性別與性別差異，沒有明確講到同志教育，因此很難定義什麼是同志教育？什麼不是？但教育部會尊重公投案的結果，透過性平會以及其他諮詢會議，針對《性平法》施行細則中提到的同志教育，討論有無修正文字的必要，如果要修改，會有一定的法治程序要進行。